크립톤 행성의 지배자 조엘은 나라의 안정을 위협한 조드와 얼사, 논을 팬텀존이라는 유리감옥에 가둬 우주로 추방한다. 하지만 우주에서 일어난 폭발로 인해 유리감옥은 산산조각이 나고, 이들 세 악당은 감옥에서 벗어나 지구에 도달하게 된다. 한편 클락과 함께 나이아가라 폭포로 취재차 나와 있던 로이스는 결국 클락이 수퍼맨임을 알아낸다. 이에 클락은 그녀와의 사랑을 택하기로 결심하고 고독의 요새에서 수퍼맨의 힘을 포기한다. 하지만 메트로폴리스로 돌아온 이 새로운 커플을 기다리고 있는 건 벌써 백악관을 점령하고 절대 복종과 수퍼맨의 항복을 요구하는 조드의 대국민 성명이었으니…

- TV 스페셜: Superman 50h Anniversary (1988 TV Special)
- 메이킹 다큐: The Making of Superman II (1980 TV Special)
- 삭제 장면: Donner Cut
Deleted Scenes: Lex and Ms. Teschmacher Head North
Deleted Scenes: Lex and Ms. Teschmacher Head Sorth
Deleted Scenes: The Villains Enter the Fortress
Deleted Scenes: He's All Yours, Boys
Deleted Scenes: Clark and Jimmy
Deleted Scenes: Lex's Getaway
- 코멘타리: Commentary by Ilya Salkind and Pierre Spengler